于是大明礼部又要求提供李氏临海君让贤的奏文，果然明神宗随后就派遣了明辽东都指挥同知：严一魁、明自在州知州：万爱民，进入李氏朝鲜王国展开调查。
这两个官僚非常爱钱，为此李氏朝鲜光海君便准备了数万两白银贿赂他们，同时让他的表叔李氏朝鲜刑曹参判：金礼直，强迫李氏朝鲜临海君向大明钦差们回答预定的内容。
明辽东都指挥同知等按套路到乔桐驿，向李氏朝鲜临海君问话，待完成使命后便返回大明，回奏朝廷称；李氏朝鲜临海君果真有病不能继承王位。
8月初9日，因云南都指挥使司滇军与地方土司兵联合围攻之下，叛贼首领：郑举、叛贼伪武定府知府：阿克，两人兵败被俘送至京师问罪。
同时朝廷还以失武定府印玺罪为由，逮捕了明云南巡抚：陈用宾、明云南总镇总兵兼黔国公：沐叡，下大理寺狱论死，实乃可悲之事！
12月11日，兀良哈部朵颜卫进犯大明帝国北直隶顺天府蓟州，大肆劫掠军民住宅区，明蓟州左参将：马栋，不能低御。
还在大明禁卫骑兵以及蓟州卫、营州右屯卫、营州后屯卫、兴州左屯卫，援军所至，居民们望见天空中明军交战时火器打出来的火光，以为是敌军将至？纷纷大惊各自逃入京城，每日多达数万人，致使京师内外城九门尽闭，帝都开始戒严。
而明兵部尚书：李化龙，请以白银三十万两填补蓟州镇缺饷，并修军械器具，户部则以国库告乏，请暂借内务库矿税银，定期补还。
明神宗不许借用内务库银，而命发太仆寺马价银十万两、户部银十万两，才让蓟州卫以及蓟州镇军心稍定。
此刻朵颜卫见明军有备而来，且久攻不下损失惨重，大多数朵颜军被明军火器打伤，便开始撤兵但明军追击时还趁势杀了袄儿都指挥使司漠南蒙古河套部151人，让漠南蒙古河套部首领：拱菟，怀恨再心伺机复仇。
12月18日，明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）首先是责令三弟明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，放弃自立为王的念头，重新归附到建州女真三卫麾下，但被拒绝了。
在劝说无效的情况下，他决定断然采取了强硬措施。
在明万历三十七年公元1609年3月初7日，明建州右卫军民指挥使的两个儿子（长子：爱新觉罗·阿尔通阿、三子：爱新觉罗·扎萨克图）两人均被明建州左卫军民指挥使派兵诛杀，包括明建州右卫军民总旗：纳拉·武尔坤，也被处死。
但明建州左卫军民指挥使的余怒还未消，仍打算将他的次子：爱新觉罗·阿敏，处死，只是在自己的第八子：爱新觉罗·红歹是（爱新觉罗·皇太极）等人的极力求情下，才逃过一劫免于一死，不过他的一半家产被没收。
面对兄长咄咄逼人的姿态，明建州右卫军民指挥使开始复仇出发，谁知战败！失去了继续抗争的勇气。
他知道自己的实力远远不如兄长，而且他所指望的靠山，驻扎在辽东都指挥使司的明军，也处在岌岌可危的境地，根本不是没有出手的意思。
在万念俱灰的绝望处境下，明建州右卫军民指挥使回到了兄长的帐下，但是这次兄长明建州左卫军民指挥使对他不再讲兄弟情谊了，而是直接把他囚禁在一间暗室之中，用铁链锁住，仅有两个孔穴给他送食物。
这下建州女真八部又壮大了许多，明神宗为了牵制建州女真八部的发展，才不得已派遣了明行人司行人：刘用，出使李氏朝鲜王国，正式册封李氏朝鲜光海君为李氏朝鲜国王（大明李氏朝鲜郡王）。
但大明礼部还是拒绝承认李氏朝鲜光海君，是大明帝国的郡王，直到李氏朝鲜官员们贿赂礼部才打通关系，勉强承认但也让李氏朝鲜光海君开始讨厌大明帝国。
3月10日，袄儿都指挥使司漠南蒙古河套部首领：拱菟，集合兵力开始报复大明，遂率众五千余人进入辽东都指挥使司大胜堡，明广宁中屯卫游击将军：于守志，率兵出击兵败。
致使漠南蒙古河套部首领俘获了明大胜堡总兵：耿尚文，将其五马分尸，且在大胜堡一带大肆杀掠，还深入小凌河22里地。
然而明辽东总镇总兵：杜松，却驻扎大凌河，没有前往救援，导致明军大败。
12月初5日，南直隶扬州府刘家庄百姓造反，杀死明如皋县知县：张藩，致使军情紧急明漕运总督：李三才，立即奏报明泰州知州：刘民爱，又遭遇了明高邮卫指挥使：王正国，等将领失事，并说“因各处饥荒，故流民日众，且千百成群，正在行劫，非速免租，进行救济，安抚人民，否则后果将不堪设想。”